Chromeの拡張機能をショートカットで呼び出せたらなー
と思いつつ、良い方法が見つからないまま過ごしてきました。
(ちょっと誇張しました。別にずっと考えてる訳ではないです。もちろん。)
しかし、解決方法が見つかったのでエントリーしておきます。
なんとChromeの標準機能を利用します。
使い方
拡張機能の設定画面を開きます。画面の一番下に「コマンドを設定する」というリンクがあるので開きます。

お好きなショートカットを割り当てて下さい。

これだけです。簡単ですね。
全然気づかなかったんですが、Chrome22から可能になっていたようです。
ご参考まで!